EDUCATION

2022 - Present

Graduate student in Department of Computer Science, School of Computing,
Tokyo Institute of Technology, Kanagawa in Japan.

2020 - 2022

Bachelor of Department of Computer Science, School of Computing,
Tokyo Institute of Technology

2015 - 2020

Department of Innovative Electrical and Electronic Engineering
National Institute of Technology, Oyama College

PUBLICATIONS

International Conference (Peer-reviewed)

1. Furui K, Ohue M. "Faster Lead Optimization Mapper Algorithm for Large-Scale Relative Free Energy Perturbation." In Proc PDPTA'23, IEEE CPS, 2023.

2. Furui K, and Ohue M, "Compound Virtual Screening by Learning-to-Rank with Gradient Boosting Decision Tree and Enrichment-based Cumulative Gain." 2022 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology (CIBCB), 2022, pp. 1-7, doi: 10.1109/CIBCB55180.2022.9863032.

Preprints

1. Ochiai T, Inukai T, Akiyama M, Furui K, Ohue M, Matsumori N, et al. "Deep generative model of constructing chemical latent space for small to large molecular structures with 3D complexity." ChemRxiv, 2023. doi: 10.26434/chemrxiv-2023-pjl0w

2. Furui K, and Ohue M. "Faster Lead Optimization Mapper Algorithm for Large-Scale Relative Free Energy Perturbation." arXiv preprint arXiv:2304.04713, 2023. doi: 10.48550/arXiv.2304.04713 

NEWS (国内・国際会議)

• 2023.8 構造活性フォーラム2023にて講演８「#LLM創薬チャレンジ 開催報告 ～創薬における大規模言語モデル活用のフィージビリティスタディとして～」にて一部講演しました。

  • https://twitter.com/souyakuchan/status/1693905879144530270 

  • https://twitter.com/ohuelab/status/1694993913403322561 

• 2023.7 査読付き国際会議PDPTA'23 Las Vegas にて以下の発表を行いました．[ arXiv ]

  • Furui K, Ohue M. "Faster Lead Optimization Mapper Algorithm for Large-Scale Relative Free Energy Perturbation." In Proc PDPTA'23, IEEE CPS, 2023.

• 2023.7 第74回バイオ情報学研究会にて下記の発表を行いました．

  • 古井海里, 大上雅史. "大規模自由エネルギー摂動法計算のための　摂動マップ構築アルゴリズムの高速化" 研究報告バイオ情報学 (BIO) 2023.

• 2023.5 プレプリント(共著)が投稿されました．

  • Ochiai T, Inukai T, Akiyama M, Furui K, Ohue M, Matsumori N, et al. Deep generative model of constructing chemical latent space for small to large molecular structures with 3D complexity. ChemRxiv, 2023. doi: 10.26434/chemrxiv-2023-pjl0w

• 2023.4 プレプリントを投稿しました．

  • Furui K, and Ohue M. "Faster Lead Optimization Mapper Algorithm for Large-Scale Relative Free Energy Perturbation." arXiv preprint arXiv:2304.04713, 2023. doi: 10.48550/arXiv.2304.04713 

• 2023.3 第73回バイオ情報学研究会にて下記の発表を行いました．

  • 古井海里, 大上雅史. "2種類の言語モデルを用いたタンパク質-化合物相互作用予測手法の開発" 研究報告バイオ情報学 (BIO) 2023.

• 2023.1 kaggleの水溶解度予測コンペ(1st EUOS/SLAS Joint Challenge: Compound Solubility)に参加しPrivate Leaderboard 1位でした（final winnerではない）．

• 2022.12 PFN2022夏期インターンでの研究内容がブログとして公開されました．

  • 構造ベースのバーチャルスクリーニングのための機械学習スコアリング関数の汎化性評価

• 2022.10 CBI学会2022年大会にてポスター発表を行いました．

  • Kairi Furui and Masahito Ohue, "Lead optimization through active learning using free energy perturbation", CBI2022, Poster session, 2022.

• 2022.9 IIBMP2022にてポスター発表を行いました．

  • Kairi Furui and Masahito Ohue, Improvement of "Evaluation of Compound Virtual Screening Performance Using Learning-to-Rank in Diverse Experimental Scenarios", IIBMP2022, Poster session, 9/14 2022.

• 2022.8 査読付き国際会議IEEE CIBCB 2022にて下記の発表を行いました．[ 動画 ] [ 論文 arXiv ]

  • Kairi Furui, and Masahito Ohue. "Compound virtual screening by learning-to-rank with gradient boosting decision tree and enrichment-based cumulative gain." 2022 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology (CIBCB). IEEE, 2022.

• 2022.6 第70回バイオ情報学研究会にて下記の発表を行い，SIGBIO優秀プレゼンテーション賞を受賞しました．

  • 古井海里, 大上雅史. "多様な実験設定におけるランク学習を用いた化合物スクリーニングの性能評価." 研究報告バイオ情報学 (BIO) 2022.49 (2022): 1-6.

• 2022.5 プレプリントを投稿しました．

  • Kairi Furui, and Masahito Ohue. "Compound virtual screening by learning-to-rank with gradient boosting decision tree and enrichment-based cumulative gain." arXiv preprint arXiv:2205.02169 (2022). [ arXiv ]

• 2022.4 東京工業大学情報理工学院情報工学系の修士課程に入学しました．

• 2022.3 情報処理学会第84回全国大会で下記の発表を行い，学生奨励賞を受賞しました．

  • 古井海里, 大上雅史, "ランク学習を用いた化合物スクリーニングにおける多様なアッセイデータの統合戦略" 情報処理学会第84回全国大会, 学生セッション, 3/3. 2022.

• 2021.11 第5回Tokyo Bioinformatics meetingにてショートトークを行いました．

  • Improvement of Learning-to-Rank for Ligand-Based Virtual Screening Using Gradient Boosting Technique with Relevance Refinement.

• 2021.9 IIBMP2021にてポスター発表を行いました．

  • Kairi Furui and Masahito Ohue "Improvement of learning-to-rank for ligand-based virtual screening using gradient boosting technique with relevance refinement", IIBMP2021, Poster session, 9/28, 2021.

• 2021.3 バイオ情報学研究会にて下記発表に携わりました．

  • 大上雅史, 古井海里: "GBDTによる化合物の血液胎盤関門透過性予測", 情報処理学会研究報告, 2021-BIO-65(8):1-3, 3/11 2021. https://pbpredictor.net/

AWARDS/CONTESTS

• 第70回バイオ情報学研究会 SIGBIO優秀プレゼンテーション賞 (2022)

• 情報処理学会第84回全国大会 学生奨励賞 (2022)

• 東京工業大学 教養卒論（2020年度）優秀賞

• 「ICTトラブルシューティングコンテスト2020」「Windows XP のサポートは終了しました」本選参加 (2020)

• ネットワークソフトウェア研究会 若手研究奨励賞 (2019)

• 情報処理学会第82回全国大会 学生奨励賞 (2019)

INTERNSHIP

2022/8-2022/9 PFN Summer Internship 2022
Tech Blog : 構造ベースのバーチャルスクリーニングのための機械学習スコアリング関数の汎化性評価

PRODUCTS

• FastLomap https://github.com/ohuelab/FastLomap, 2023

• PBPredictor https://pbpredictor.net/, 2021

ORGANIZATION OF MEETHINGS

• 構造活性フォーラム2023 

  • 講演８「#LLM創薬チャレンジ 開催報告 ～創薬における大規模言語モデル活用のフィージビリティスタディとして～」

    • #LLM創薬チャレンジ上位入賞者として講演

ORGANIZATION OF MEETHINGS

• The 6th Tokyo Bioinformatics Meeting 慶應義塾大学 矢上キャンパス (2022.10.15)

CONTACT

Email: furui[at]li.c.[Tokyo Institute of Technology]

Twitter: @YumizSui

Github: @YumizSui

ScrapBox: https://scrapbox.io/yumiz/

SEIKATSU

ラスベガスの学会に行ってからポーカーにハマっています（2023/8/28）